Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada (FK UGM) didirikan tanggal 4 Maret 1946 di Klaten yang sebelumnya disebut Perguruan Tinggi Kedokteran. Bagian Kebidanan dan Penyakit Kandungan (sekarang dibakukan dengan nama Bagian Obstetri dan Ginekologi) merupakan salah satu bagian klinik Perguruan Tinggi Kedokteran tersebut. Pada saat itu, Bagian Kebidanan dan Penyakit Kandungan dipimpin oleh Prof. Dr. Toha selaku Kepala Bagian dan Dr. Santo sebagai stafnya. Pada tanggal 19 Desember 1948 terjadi penyerbuan besar-besaran oleh tentara Belanda termasuk ke Perguruan Tinggi Kedokteran Klaten sehingga perguruan tersebut menghentikan kegiatannya. Pada tanggal 20 Mei 1949 diadakan rapat oleh panitia Perguruan Tinggi di Pendopo Kepatihan Yogyakarta untuk membahas pemindahan Perguruan Tinggi Kedokteran Klaten ke Yogyakarta.
Pada tanggal 19 Desember 1949 diresmikan berdirinya Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada di Pendopo Mangkubumen, sekaligus Rumah Sakit Universitas Gadjah Mada (RS UGM). Tahun 1950 Klinik Bersalin Mangkubumen RS UGM diresmikan. Ketua bagian Obstetri dan Ginekologi adalah Prof. Dr. Soekiman dengan asisten Dr. Esnawan, sedangkan Midiato, Moeljo Hastodipoero dan Moenazir menjadi asisten mahasiswa. Kegiatan di bidang obstetri dan ginekologi mulai berjalan kembali. Kuliah obstetri fisiologi diberikan oleh Prof. Drs. R. Radiopoetro.
Pada tahun 1952 Rumah Sakit Mangkubumen dipakai sebagai lahan pendidikan untuk Bagian Obstetri & Ginekologi dan Bagian Bedah. Pada tahun 1957 Prof. Dr.Soekiman mengundurkan diri. Kegiatan koasistensi dilakukan di RS Karyadi Semarang di bawah bimbingan Prof. Dr. Sardjono Dhanudibroto yang juga memberi kuliah dan menguji. Selanjutnya Dr. R.Soeprono ditunjuk oleh FK UGM menjadi staf di bagian Obstetri dan Ginekologi RS UGM.
Pada tahun 1959 Prof. Dr. Marsidi Joedono menjadi ketua Bagian Obstetri dan Ginekologi. Sejak tanggal 1 September 1959 dimulai Program Pendidikan Dokter Spesialis Obstetri dan Ginekologi dengan asisten-aisten Dr. Soegiono, Dr. R. Soeprono, Dr. Soedjarwo dan Dr. H. Hardjo Djojodarmo.
Pada tahun 1960 Rumah Sakit Kesehatan Ibu & Anak (RS KIA) Mangkuyudan diserahkan oleh Depkes ke Depdikbud sebagai lahan pendidikan Bagian Obstetri & Ginekologi FK UGM. Dr. Tjokrohadidjojo menjabat sebagai direktur RS UGM, sedangkan Ketua Bagian Obstetri & Ginekologi dijabat oleh Prof. Dr. Marsidi Joedono. Dr. Soegiono memimpin RS Mangkubumen dan Dr. R. Soeprono memimpin RS Mangkuyudan.
Sampai dengan tahun 1970 model pendidikan dokter spesialis masih bersifat sistem magang (Jawa:”nyantrik”) yakni seorang calon spesialis mengikuti apa saja yang dikerjakan oleh senior (pendidiknya). Belum ada kurikulum baku, sehingga belum ada penugasan yang bersifat akademisi seperti tulisan ilmiah, baca jurnal, tesis dan lain-lain secara terstruktur dan berkesinambungan. Pendidikan saat itu lebih bersifat model pendidikan praktek.
Pada tahun 1978 Bagian Obstetri & Ginekologi membuka poliklinik di RS DR. Sardjito. Pada bulan Februari 1982 semua unit termasuk Bagian Obstetri dan Ginekologi berintegrasi di RS DR. Sardjito Yogyakarta. Pada bulan Oktober 1982 Dr. H. Prastowo Mardjikoen menggantikan Dr. R. Soeprono sebagai Ketua Bagian dan Ginekologi. Beliau mengembangkan beberapa sub-bagian yaitu sub-bagian Perinatologi, sub-bagian Reproduksi Manusia, sub-bagian Onkologi, sub-bagian Obstetri Ginekologi Sosial, sub-bagian Psikosomatik dan sub-bagian Traumatologi Ginekologi.
Mulai tahun 1976, pengembangan pendidikan kedokteran menganut Sistem Kredit Semester (SKS), demikian pula Program Pendidikan Dokter Spesialis I (PPDS I) mengalami perubahan yang signifikan. PPDS I bidang studi Obstetri dan Ginekologi menyesuaikan diri dengan katalog yang dikeluarkan oleh Consortium Medical Sciencies (CMS) dan Direktur Jendral Perguruan Tinggi Depdikbud (1978). Untuk mengoptimalkan jalannya pendidikan maka dibentuk Ketua Program Studi (KPS) dan Sekretaris Program Studi yang bertanggung jawab terhadap Ketua Bagian.
Sesuai kesepakatan Kolegium, Bagian Obstetri dan Ginekologi mengembangkan 5 divisi, yakni divisi fetomaternal, endokrinologi reproduksi, onkologi ginekologi, uroginekologi dan bedah rekonstruksi dan obstetri ginekologi sosial, yang termasuk di dalamnya obstetri dan ginekologi umum.
Sampai awal 2016, Kepala Bagian Obstetri dan Ginekologi berturut-turut adalah Prof. Dr. Toha (1949-1952), Prof. Dr. Soekiman (1952-1957), Prof. Dr. Marsidi Joedono (1957- 1966), Dr R Soeprono (1966-1982), Dr. H. Prastowo Mardjikoen (1983-1989), Dr H. Sulchan Sofoewan (1989-1993), Dr. H. Djaswadi Dasuki (1993-1998), Dr. H. Saribin Hasibuan (1998-2001), Dr. H. Zain Alkaff ( 2002-2005), Prof. Dr. H. M. Hakimi ( 2006 – 2009), Dr.H.Risanto Siswosudarmo (2010 – 2013), Dr.dr.Heru Pradjatmo, M.Kes, SpOG(K) (2014 – 2015), dr R. Detty Nurdiati MPH., PhD., SpOG(K) (2016-sekarang).
Saat ini jumlah Staf Departemen Obstetri dan Ginekologi Fakultas Kedokteran UGM adalah 32 orang yang terdiri atas 5 orang Guru Besar, 4 orang S3, 14 spesialis konsultan, 5 orang dokter spesialis dan 4 orang sedang menjalani studi S3. Di samping itu terdapat staf luar biasa yang berada di RS afiliasi berjumlah 24 spesialis, sehingga jumlah seluruh pendidik 56 orang. Jumlah residen pada saat ini adalah 86 orang sehingga rasio pendidik dibanding residen 1:1,56.
Departemen obstetri dan ginekologi fakultas kedokteran UGM telah mendirikan Obgin Research Unit (ORU) sebagai bentuk komitmen departemen dalam meningkatkan perannya di bidang penelitian. Unit ini mengkoordinasi staf dan residen dalam melakukan penetian mulai dari pembuatan proposal sampai dengan publikasi